เป้าหมายของเกมคือการรุดหน้าให้ไกลที่สุดเท่าที่จะเป็นไปได้ในขณะเอาตัวรอดจากการโจมตีจากแมกนีโตและสมุนของเขา ตัวละครนั้นถูกควบคุมด้วยจอยสติ๊กมาตรฐาน, ปุ่มโจมตี, ปุ่มกระโดด และปุ่มมิวแตนต์พาวเวอร์ นอกจากไปทางขวาและซ้าย ตัวละครสามารถเดินขึ้นและลงในหน้าจอได้เช่นกันซึ่งเพิ่มความรู้สึกแบบสามมิติให้กับเกม ตัวละครทุกตัวสามารถต่อสู้โดยการชก, เตะ หรือการโจมตีระยะประชิดอื่น ๆ ตัวละครแต่ละตัวยังมีมิวแตนต์พาวเวอร์ที่ไม่เหมือนใครซึ่งสามารถใช้เพื่อเอาชนะศัตรูหลายตัวบนหน้าจอได้ในแต่ละครั้ง การใช้มิวแตนต์พาวเวอร์มีประสิทธิภาพมาก แต่ก็มีการสูญเสียเพราะทำให้ตัวละครเสียพลังชีวิตสามขีด โดยทั่วไปแล้ว ตัวละครที่มีพลังชีวิตต่ำกว่าสี่จะไม่สามารถใช้พลังกลายพันธุ์ได้อีกต่อไป แต่ก็เป็นไปได้ที่ตัวละครจะได้รับโบนัสมิวแตนต์พาวเวอร์ซึ่งสามารถเก็บได้เหมือนไอเทม ส่วนในเวอร์ชันภาษาญี่ปุ่น ไอเทมพาวเวอร์จะถูกใช้จนหมดก่อนสูญพลังชีวิต และยังมีพาวเวอร์อัพกับแพ็คเพิ่มพลังชีวิตตามด่าน